合法修改公司章程的方式是由公司董事会依法作出修改公司章程的决议，并提出修改草案，再由股东会对公司章程修改条款进行表决，接着进行登记公告，最后加盖公司法人章。
一、
如何合法修改公司章程
1.由公司董事会作出修改公司章程的决议，并提出章程修改草案。
2.股东会对章程修改条款进行表决。
3.公司章程的修改涉及需要审批的事项时，报政府主管机关批准。如股份有限公司为注册资本而发行新股时，必须向国务院授权的部门或者省级人民政府申请批准;属于向社会公开募集的，须经国务院证券管理部门批准。
4.公司章程的修改涉及需要登记事项的，报公司登记机关核准，办理变更登记;未涉及登记事项，送公司登记机关备案。
5.公司章程的修改涉及需要公告事项的，应依法进行公告。如公司发行新股募足股款后，必须依法定或公司章程规定的方式进行公告。
6.修改章程需向公司登记机关提交“股东会决议”及“章程修正案”，若涉及登记事项，须有公司法人签章方可完成变更。
二、
公司章程变更需要全体股东签字吗
公司章程变更，不需要全体股东签字。变更公司章程，只需要经出席股东会或股东大会的股东以三分之二的多数表决通过。并且需要在变更决议或决定作出后的三十日内，申请变更登记。
《中华人民共和国公司法》第一百零三条，股东出席股东大会会议，所持每一股份有一表决权。但是，公司持有的本公司股份没有表决权。股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。但是，股东大会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
三、
股份有限公司章程必备条款包括哪些
找法网提醒您，股份有限公司章程必备条款包括是除了公司名称和住所、公司经营范围、公司注册资本、公司法定代表人等章程共同的必要事项外，还应当载明股东的姓名或者名称、股东的出资方式、出资额和出资时间、公司的机构及其产生办法、职权、议事规则等事项。
同时股份公司的章程还应当载明公司设立方式、公司股份总数、每股金额和发起人的姓名或者名称、认购的股份数、出资方式和出资时间以及董事会的组成、职权和议事规则，监事会的组成、职权和议事规则，公司利润分配办法，公司的解散事由与清算办法以及公司的通知和公告办法等。