破产企业在补偿员工赔偿时，首先应当清偿所欠职工的工资、医疗以及抚恤等费用，其次对于员工的经济补偿金应按员工在单位工作的年限为界按标准进行清偿。
一、
破产企业如何合法补偿员工赔偿
破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后优先清偿破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。
经济补偿金以员工本人前十二个月的平均工资为基数，按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。 另外，公司所欠员工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用等，也应该在破产中优先予以支付。
二、
企业破产倒闭后员工社保如何处理
企业破产倒闭后如果欠缴员工的社保的，需要以其破产财产来及时为员工补缴。企业在清偿完破产费用和共益债务后，就需要清偿拖欠的员工工资、社保等费用。
《中华人民共和国企业破产法》第一百一十三条
破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
(一)破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金;
(二)破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款;
(三)普通破产债权。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。
三、
企业破产重组和破产清算有什么区别
破产重组是在法院宣告公司破产之前，破产清算是在法院宣告公司破产之后。找法网提醒您，根据相关法律规定，在破产重组期间，债务人应当在六个月内提出重组方案。债务人、债权人可以申请破产。