劳动关系存续期间劳动合同纠纷的处理办法是，协商解决，协商不成的，可以请有关调解组织进行调解，调解不成的，可以向劳动保障监察机构投诉举报，或者是向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
一、
劳动关系存续期间劳动合同纠纷怎么办
劳动关系存续期间劳动合同纠纷可以采用以下方法解决：
1.协商。劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。
2.申请调解。劳动者可以向调解组织申请调解，与用人单位达成调解协议。
3.如果协商、调解都无法解决，则可以通过以下法律途径来解决：
（1）向当地劳动保障监察机构投诉举报;
（2）向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，需要注意的是，要在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请;
（3）通过诉讼途径解决。这又分三种情况：
一是针对劳动纠纷案件，经劳动仲裁后任何一方不服的，可以向法院提起诉讼;
二是经仲裁后都服从，劳动仲裁裁决生效后，用人单位不执行的，劳动者可申请法院强制执行;
三是属于劳务欠款类的可直接向法院提起民事诉讼。
二、
劳动仲裁在劳动关系结束后还可以仲裁吗
劳动仲裁在劳动关系结束后还可以仲裁，但不能超过1年。劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。当事人对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
三、
劳动合同纠纷如何取证
劳动合同纠纷可通过以下途径取证：主动搜集提供；相应证据由用人单位掌握管理的，应由用人单位提供；劳动者因客观原因不能自行收集的，可以申请劳动仲裁委或人民法院调查收集。在调查取证中，必须反对主观性、片面性、表面性，不能先入为主或附加任何外来的成份。找法网提醒您，在收集证据的时候，要力求全面、客观。
法律依据：
《劳动争议调解仲裁法》第六条
发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。